A trianoni békeszerződés (1920) következtében a Jászóvári Premontrei Kanonokrend Felvidéken és Partiumban fekvő intézményei és birtokai Csehszlovákia és Románia fennhatósága alá kerültek. Az iskolákat államosították, a szerzetestanárok egy részét mint nemkívánatos személyeket kiutasították ezekből az országokból. Takács F. Menyhért O. Praem. (1861–1933) prépost-prelátus, apát Gödöllőn telepítette le elüldözött rendtársait, ahol a rend az akkori kulturális kormányzat „felkérésére” iskolát alapított.
Az építkezés 1923-ban indult meg, és a nyolcosztályos gimnázium már 1924 őszén elkezdte működését az első két évfolyamon, két-két osztállyal. 1926-ra épült fel a kollégium, 1928-ra a rendház. Az intézmény folyamatosan gyarapodott, színvonalas képzést, szilárd nevelést nyújtva a növendékeknek. Az épületegyütteshez tervezett neobarokk templom pénzhiány miatt azonban nem épülhetett meg. A gimnázium a 2. emeleti színházteremből kialakított kápolnát használta szentmisékhez.
A második világháború idején az épületben hadifogolytábor és hadikórház működött. 1948-ban államosították a rendi alsó- és középfokú iskolákat, valamint a kollégiumot. 1950-ben ezeket az oktatási–nevelési intézményeket kiköltöztették az épületből, majd helyükre az Agrártudományi Egyetem került. Szintén 1950-ben a premontrei szerzeteseket először Máriabesnyőre internálták, majd a rend működési engedélyét megvonták. Ezzel megkezdődtek a szétszórattatás évei. A szerzetesek titkos rendi életükkel tudták premontrei lelkiségüket megőrizni. Ebben az időszakban titkos beöltözésekre, fogadalomtételekre, sőt, még papszentelésekre is sor került a hűséges rendtagoknak köszönhetően.
A rendszerváltoztatás idején a rendet, mint Gödöllői Premontrei Perjelséget, mind az egyházi (1989), mind az állami hatóságok (1990) visszahelyezték jogaiba. Fényi J. Ottó O. Praem. (1917–2002) kormányzó perjel elindította az eddig szétszórattatásban élő szerzetestársak összefogását, gödöllői letelepítését, a középfokú, premontrei szellemiségű oktatás újbóli megindítását, és egy kis templom építését a Fácán sor 3. alatt. Ezt 1993-ban áldotta meg Keszthelyi Ferenc váci megyéspüspök. Öt évvel később (1998) a püspök atya a rendi templomot plébániai rangra emelte, a vasúton túli fejlődő városrész lelkipásztori szolgálatára.
1997-től Ullmann P. Ágoston O. Praem. (1940–) kormányzó perjel tovább folytatta a premontrei közösség megszilárdítását, intézményeik gyarapítását.
A rend vezetését 2015-ben Balogh P. Piusz O. Praem. (1971–) vette át. 2016-ban adták át a szerzetesek új rendházát, és a mellette kialakított Premontrei Auditóriumot.
2018-ban a perjelséget apátsági rangra emelték. 2022-ben tették le az új templom hét alapkövét. 2022-ben a gödöllői, 2023-ban a pannonhalmi városi temetőben, illetve kriptában nyugvó premontrei szerzetesek maradványait exhumálták, és a fácánosi premontrei sírkertben helyezték el. 2023-ban újabb rendház és sportcsarnok építése kezdődött.
2024. október 22-én került sor a Szent Ágoston Prépostsági Templom ünnepélyes felszentelésére, ettől a naptól kezdve a rend, az egyházközség és az iskola az új templomot használja a liturgikus eseményeken.